丛林巴西龟的鉴别方法主要观察其外形特征。丛林巴西龟的头部通常比较宽大,形状为圆形或椭圆形,头部两侧有类似于眼睛的斑点。其背部呈浅棕色或灰褐色,带有一些黑色或黄色的斑点和条纹。四肢比较粗壮,爪子有黑色色块。
另外,丛林巴西龟的头部较光滑,颜色呈暗绿色,且有黄色的纵行条纹。和其他乌龟最明显的区别在于头侧中部的鼓膜上有暗红色或者是橘红色的椭圆形斑,这也是它叫红耳龟的原因。它的颈部是灰黑色的,有绿色褐黄色的纵向条纹,腹面的条纹相对较宽。
丛林巴西龟的背甲扁平,每块盾片中央有黄绿镶嵌且不规则的斑点,后缘呈锯齿状;指、趾间均具蹼。随着龟的成长,龟壳的颜色也会发生变化,绿色底色会被黄色所逐渐替代,最后成为较暗的褐橄榄色。