吴茱萸以色绿、饱满、干净无杂质者为佳。
吴茱萸呈球形或略呈五角状扁球形，表面暗黄绿色至褐色，粗糙，有多数点状突起或凹下的油点。顶端有五角星状的裂隙，基部残留被有黄色茸毛的果梗。
吴茱萸分大花吴茱萸，中花吴茱萸和小花吴茱萸三种品种，以中花吴茱萸最好，其药性及香味都较其它两种要好。
吴茱萸表面绿黑色或暗黄绿色，粗糙，有细皱纹及多数凹下细小油点，顶平，中间有凹窝及5条小裂缝，有的裂成5果瓣，有的不明显。基部有花萼及短果柄，果柄密生毛茸。
以粒小、饱满坚实、色绿、香气浓烈者为佳。
是一种较辣的调味品。
茱萸分为三种，吴茱萸、山茱萸和食茱萸，这里说的是食茱萸。食茱萸属芸香科花椒属，植物名为樗叶花椒，严格来说是花椒的一种，花椒的味道辛辣、刺激，在辣椒没有传入中国之前，很多地区都用食茱萸当做辛辣调味品使用，《本草纲目》还称其为“辣子”。
1.科属不同
吴茱萸，别名吴萸、茶辣、漆辣子、臭辣子树、左力纯幽子、米辣子等。通常分大花吴茱萸、中花吴茱萸和小花吴茱萸等几个品种。是芸香目，芸香科，吴茱萸属的小乔木或灌木。
山茱萸，别称山萸肉，山芋肉，山于肉，为山茱萸目，山茱萸科，山茱萸属的落叶乔木或灌木。
2.形态特征不同
吴茱萸，高3-5米，嫩枝暗紫红色，与嫩芽同被灰黄或红锈色绒毛，或疏短毛。叶有小叶5-11片，小叶薄至厚纸质，卵形，椭圆形或披针形，长6-18厘米，宽3-7厘米，叶轴下部的较小，两侧对称或一侧的基部稍偏斜，边全缘或浅波浪状，小叶两面及叶轴被长柔毛，毛密如毡状，或仅中脉两侧被短毛，油点大且多。花序顶生；果密集或疏离，暗紫红色，有大油点，每分果瓣有1种子；种子近圆球形，一端钝尖，腹面略平坦，长4-5毫米，褐黑色，有光泽。花期4-6月，果期8-11月。
山茱萸，树皮灰褐色；小枝细圆柱形，无毛。叶对生，纸质，上面绿色，无毛，下面浅绿色；叶柄细圆柱形，上面有浅沟，下面圆形。伞形花序生于枝侧，总苞片卵形，带紫色；总花梗粗壮，微被灰色短柔毛； 花小，两性，先叶开放；花萼阔三角形，无毛；花瓣舌状披针形，黄色，向外反卷；雄蕊与花瓣互生，花丝钻形，花药椭圆形；花盘无毛；花梗纤细。核果长椭圆形，红色至紫红色；核骨质，狭椭圆形，有几条不整齐的肋纹。花期3-4月；果期9-10月。
1、性味不同：山茱萸味酸、涩，性微温。吴茱萸味辛、苦，性热，有小毒。
2、归经不同：山茱萸归肝、肾经。吴茱萸归肝、脾、胃、肾经。
3、功效不同：山茱萸具有补益肝肾，涩精固脱的功效。吴茱萸具有散寒冷止痛，降逆止呕，助阳止泻等功效。
4、主治不同：山茱萸常用于眩晕耳鸣、腰膝酸痛、阳痿遗精、遗尿尿频、崩漏带下、大汗虚脱、内热消渴等症。吴茱萸常用于厥阴头痛、寒疝腹痛、寒湿脚气、经行腹痛、脘腹胀痛、呕吐吞酸、五更泄泻等症。
5、外观不同：山茱萸呈不规则的片状或囊状，表面紫红色至紫黑色，皱缩，有光泽，顶端有的有圆形宿萼痕，基部有果梗痕，质柔软。吴茱萸呈球形或略呈五角状扁球形，直径2~5毫米，表面暗黄绿色至褐色，粗糙，有多数点状突起或凹下的油点，顶端有五角星状的裂隙，基部残留被有黄色茸毛的果梗，质硬而脆，横切面可见子房5室，每室有淡黄色种子1粒，气芳香浓郁。